Hola Carolina,
Para que los permisos funcionen correctamente primero se deben configurar las siteview, areas, o componentes como protegidos, por ejemplo si un usuario va a tener acceso a la siteview administración se debe seleccionar esta siteview ir a las properties y seleccionar la opción Protected, para luego agregar los módulos proteginos como lo sugiere este artículo: https://www.webratio.com/learn/learningobject/how-to-use-the-protected-modules?link=oln72ae.redirect&pcp1x=how-to-use-the-protected-modules&nav=14#!ajax=true
Luego hay que asegurarse que la tabla group contenga la relación correcta con la tabla modules y de igual forma la tabla user con la tabla group.
Espero te sirva.