Hola Miguel,
Si no he entendido mal Flotr2 es una librería para crear gráficos no?
http://www.humblesoftware.com/flotr2/
Puedes usar cualquier librerías de Javascript personalizando el estilo del proyecto de WebRatio
https://my.webratio.com/learn/learningobject/Getting-started-with-the-Style-Project
al principio es un poco frustrante, pero no aprevecharás toda la potencia de WebRatio hasta que no los domines.
Si tienes alguna pregunta en concreto sobre cómo personalizar los estilos te la respondo sin problemas