Pues nosotros usamos la Create Unit con esas relaciones y no tenemos problemas :(
Posibles causas de que no te inserte una tupla en la tabla intermedia que se me ocurran así de primeras:
- Que no estén bien mapeadas las tablas. ¿Te has fijado si da algún error en la consola de Tomcat cuando intentas insertar una tupla?
- Que no exista algún ID que le estás pasando a la tabla intermedia en las otras dos tablas.
Otra cosa, nosotros cuando creamos la tabla intermedia, no ponemos como clave primaria los ids de las otras dos tablas, las dejamos como claves secundarias y como clave primaria su propio oid, esto facilita mucho todo.